国家自然科学奖二等奖奖金的具体数额是不固定的,而是根据评审结果和获奖项目的质量而定。国家自然科学奖二等奖的奖金金额在几十万元到百万元之间。获奖者可以根据评审委员会的评定获得相应的奖金,具体数额会在颁奖仪式上公布。国家自然科学奖是我国最高级别的科学奖项之一,对于科研人员来说具有极高的荣誉和激励意义。