国家自然科学二等奖的奖金金额根据评选年份和具体情况而有所不同,国家自然科学二等奖的奖金在几十万元到百万元之间。具体的奖金数额会根据评选委员会的评定和颁奖文件的规定而定。获得国家自然科学二等奖的科研团队或个人将获得相应的奖金奖励,以表彰其在科学研究领域所取得的突出成就。